修建的“两洋来铁路”经源过地形区是亚马孙平原，遇到的问题是热带雨林区的生态环境保护问题，该铁路不经过巴西高原，故A错误，C正确；
亚马孙平原属于热带雨林气候，终年高温多雨，故B错误；
大象主要分布在热带雨林地区，但野象群攻击的问题不是修建“两洋铁路”遇到的问题，故D错误．
故选：C．
修建的“两洋来铁路”经源过地形区是亚马孙平原，遇到的问题是热带雨林区的生态环境保护问题，该铁路不经过巴西高原，故A错误，C正确；
亚马孙平原属于热带雨林气候，终年高温多雨，故B错误；
大象主要分布在热带雨林地区，但野象群攻击的问题不是修建“两洋铁路”遇到的问题，故D错误．
故选：C．