记账式国债与凭证式国债是两种不同的国债，他们有以下的主要区别：
一、债权记录方式：记账式国债通过中央国债登记结算公司和各承办银行债券登记托管系统记录债权，投资者购买记账式国债必须事先开立国债账户；凭证式国债由发售银行向投资者出示凭证式国债收款凭证作为债权记录的证明，其中电子记账利用计算机网络系统，以电子记账方式记录债权。
二、流通性：记账式国债可以上市流通，投资人可根据市场价格随时进行买卖。银行通过证券业务系统发布记账式国债柜台交易双边报价。凭证式国债不可以上市流通，可提前兑取。
三、还本付息方式：记账式国债包括固定利率零息、固定利率附息和浮动利率三种方式，通过系统自动还本付息。凭证式国债是固定利率，债券到期由投资人到网点柜台兑付。
四、到期前卖出收益预知程度：记账式国债二级市场交易价格是由市场决定的，买卖价格（净价）有可能高于或低于发行面值。当卖出价格高于买入价格时，表明卖出者不仅获得了持有期间的国债利息，同时还获得了部分价差收益。投资者购买记账式国债于到期日前卖出，其收益是不能提前预知的。凭证式国债在发行时就将持有不同时间提前兑取的分档利率做了规定。
五、办理时间不同：多家银行规定证券业务系统的固定时间为柜台记账式国债的交易时间。普通凭证式国债在发行期内不受证券系统影响（电子记账方式除外）。