台湾高铁票价介于火车和航空之间，正式票价分为标准车厢和商务车厢，另外还有优待票价，老人、残障人士和儿童搭乘高铁有半价优惠。台北到台中搭乘高铁标准车厢700元（约合156元RMB），可节省旅客90分钟的时间，而且高铁仍比飞机票1342元便宜一些。“交通部”核定的高铁票价费率，每公里3.655元，并准予票价上限提高20%的权利。最后定案票价，台北至板桥40元，台北至桃园160元，台北至新竹290元，台北至台中700元，台北至嘉义1080元，台北至台南1350元，台北至高雄左营1490元，以上均为标准车厢票价。
商务车厢票价，台北至板桥260元，台北至桃园440元，台北至新竹640元，台北至台中1250元，台北至嘉义1820元，台北至台南2230元，台北至高雄左营2440元（约合542元RMB）。
2007年1月通车以来，台湾高铁通车首次涨价
2013年10月8日起，台湾高铁公司实施调高票价，这是台湾高铁通车6年多来首次涨价，涨幅约7.1%至9.6%。
根据台湾高铁公布的新票价，台北到高雄单程从1490元(新台币，下同)调为1630元，台北到台南从1350元调为1480元，台北到嘉义从1080元调为1180元，台北到台中从700元调为765元，台北到新竹从290元调为315元，台北到桃园从160元调为175元，台北到板桥从40元调为45元。
台湾高铁董事长欧晋德对此表示，台高铁正在研究扩大优惠，可预备2折、3折价格但不可退票的超低“早鸟票”(early birdtickets，即“提前预定优惠票”)。