所谓的地上线不是轻轨，因为东京的地上线还承担对外交通的任务，例如总武线、外房线、内房线等一直延伸到千叶县，东海道本线要一直延伸到大阪，东北本线更是向北延伸到仙台、盛冈。而且这些线路还要跑货车，轻轨是不会跑货车的
中国人的对于日本铁路的误解：
一主要是因为日本的铁路不仅承担长途运输任务，也承担市内通勤的任务，所以很多人以为那些站站停的通勤慢车是轻轨其实不然。通勤与特急其实是共线的只不过停站制度不一样相当于国内的特快列车也不停小站那样（例如跑中央本线的201系不仅有东京～三鹰间的各站停车慢车，也有一路狂奔只停几个大站的特急列车）
二主要是因为日本的列车多数采用单元制运行，几列不同目的地的列车在共同区间往往会互相连接到分岔点再分离（例如E351系、681/683系等）。所以很多车即使是跑特快的长途列车也往往会在头车上安装通过用的车门以方便连接，显得像通勤电车一样。
要注意日本是没有国内传统意义上的“轻轨”的
至于东京的地铁是由两家公司经营：一为东京都交通局（都営地下鉄（とえいちかてつ）。正式名称:东京都地下高速电车）管辖浅草线、三田线、新宿线、大江戸线四条线路，二为东京地下铁（东京メトロ），经营银座线、丸ノ内线、东西线、南北线、副都心线、千代田线、有乐町线、日比谷线、半蔵门线等。这两家公司的地铁和JR以及各家大手民铁的线路构成换乘关系，但JR和民铁的电车线不是地铁，JR不经营地铁业务。
日本其他城市的地铁多数由其市立交通局经营例如大阪市交通局（大阪市电）函馆市交通局（函馆市电）等
还有，地上线＝JR这个概念完全错误，经营地上线的不止JR，就连东京都交通局自身都还有地上线，即都电荒川线和日暮里舍人线
另外，世界上地铁长度最长的城市不是东京，而是纽约