神奇宝贝病毒（日文︰ポケルス，英文︰Pokérus）是一种特别的状态，第二世代引入。
与异常状态不同，神奇宝贝病毒无法被神奇宝贝中心或任何道具治愈，每只神奇宝贝只能感染至多一次。当神奇宝贝感染了神奇宝贝病毒时，它在对战结束后获得的基础得点翻倍，包括通过道具加成得到的额外基础得点也会翻倍，但使用营养药剂或羽毛的基础得点不翻倍。神奇宝贝病毒在几天后就会消失，但把神奇宝贝放入电脑中会打断这个计时。
神奇宝贝病毒有3⁄65536的机会出现在一只野生神奇宝贝或神奇宝贝蛋孵化的神奇宝贝身上。无论是击倒或收服这只野生神奇宝贝，主角的队伍里都会得到神奇宝贝病毒。因为它的几率非常低（大约是遇见不同颜色几率的1⁄3），并且有许多玩家遇见野生的携带病毒的神奇宝贝时因为无法得知它携带了病毒而选择了逃跑，要获得病毒是一件非常难的事情。
在近代，神奇宝贝病毒的传播变得广泛，通过全球终端或神奇宝贝全球连接可以在全世界交换神奇宝贝，所以携带神奇宝贝病毒的神奇宝贝可以通过这个途径快速传播。
主角首次遇到病毒时，神奇宝贝中心的护士会做一点解释，告诉主角神奇宝贝病毒是神奇宝贝身上的“微生物”。离开神奇宝贝中心后，空木博士会打电话告知主角神奇宝贝病毒没有坏处并会逐渐消退。如果将神奇宝贝传入第一世代的游戏，神奇宝贝病毒会连同免疫状态一起彻底消失。
感染感染了神奇宝贝病毒的神奇宝贝在状态栏中查看时，异常状态的部分会有“神奇宝贝病毒”的标志（在第三世代或第四世代的图标不同，第五世代的图标则和第四世代不同，第二世代没有图标）。如果有其它的异常状态被加在这只神奇宝贝身上，神奇宝贝病毒的标志就会被覆盖掉。如果神奇宝贝携带了病毒，它就可以把病毒传播给队伍中的其它神奇宝贝。在一场对战结束后，队伍里与携带了病毒的神奇宝贝前后相邻的神奇宝贝有1⁄3的几率[待确认]被感染上病毒。从第三世代开始，神奇宝贝蛋也可以被感染病毒。
免疫当拥有神奇宝贝病毒的神奇宝贝满足了病毒消失的条件时，就会进入病毒免疫的状态。在这个状态下的神奇宝贝不能把病毒传播给其它神奇宝贝，也无法被病毒传播。在第二到第三世代，状态栏上会有一个点代表免疫。在第四到第五世代则是一个小的笑脸图标。在免疫状态下与感染状态下的基础得点翻倍效果相同，不会因为免疫而消失。
第三世代神奇宝贝病毒只能在宝石版中出现并传播。第三世代的其它游戏没有时间系统，当拥有神奇宝贝病毒的神奇宝贝被传入这些游戏时，病毒不会消失但也不能传染。