剧情
1860年James的叔叔离奇去世，James作为合法继承人来到的叔叔的宅邸，继承了叔叔所有的遗产，将遗产中一颗神秘的种子种在了院子里。随后利用三颗宝石打开了房子的门，便进去了。进入房子以后的James意外的发现叔叔的尸体隐藏在时钟里，墙上的照片后隐藏了一些动物和人体器官的信息，虽然奇怪还是住了下来。叔叔的房子对面有一个神秘的旅馆（就是前作锈湖旅馆哦），里面有各种神奇的动物。James意外的发现了叔叔两兄弟研究永生药的笔记，而且在1859年进入了尾声。之后James自己也尝试配置了一次，给狗喝了以后似乎没有什么效果。
随后James娶Mary为妻生子，诞下三胞胎，分别是Emma、Samuel、Albert，十几年后去世了。但是三人的关系并不好，九岁那年Albert被另外两人欺负，随后埋下了仇恨的种子。此时乌鸦人出现，预示了三人之后悲惨的命运。Emma生下了一个儿子Frank，但是他的舅舅Albert因为怨恨，在他荡秋千的时候害他掉入井底。Emma以为儿子死去了，随后伤痛欲绝，为儿子留下一封书信之后上吊自杀。而另外一个兄弟Samuel因为维修自家的钟，结识了占卜师Ida并结婚生下儿子Leonard。
有一次Albert、Samuel、Emma和Mary玩谎言游戏，透露了Albert深爱着Ida。之后，Albert和其他家庭成员在家中演奏，突然一声枪响，除了Leonard之外的人不知所踪，而年老的Mary当场死去。原来是Albert将兄长和嫂子带走藏起来，用傀儡术杀死了Samuel和Ida两个人，只留下了他们的儿子Leonard。并用自己的种子和Ida的种子创造出了自己的孩子Rose。
随后是三个孩子的故事。Leonard长大后当了兵，但是却炸断了一条腿，在战场中得到了时光碎片。rose救出了井底的Frank，Frank从乌鸦那里得到了母亲给自己的信，被救之后的Frank找到Albert下棋，随后杀了他报仇。而rose通过将族人的坟墓掘开找到了另外一个时间碎片，Leonard在院子中找到了时光碎片。
在故事发展中收集了十个祭品，最后Leonard、rose和Frank同聚一堂，来到祖父James以前研究其叔叔长生药时的底下实验室，随后将祭品放入瓶子中，三人被树根缠住。接着十样祭品的养分融合到心脏中，原来是Willam（James的叔叔）。最后除了rose其余人都死去，而rose抱着一个婴儿站在锈湖中，故事结束。
以上是锈湖根源故事主线的大致脉络，许多具体的细节由于行文需要并没有大篇幅介绍。从James开始，到仅有rose生还，第二代的悲剧令人扼腕叹息。Albert由于儿时的怨恨杀死了侄子与兄长嫂子，最后被侄子报复而死。但是这一切的仇恨又是Samuel和Emma幼时的调皮埋下的种子。从游戏开始就出现的乌鸦人，应该就是神秘的的Willam，就是James的叔叔。
《锈湖根源 Rusty Lake: Roots》是方块房间逃脱系列的新作，本作延续了系列作品阴暗神秘的画风，各种离奇的动物和人，以一种非常隐晦的方式诉说了一个精彩的故事。