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明朝时期六部尚书为正二品官衔，明朝废丞相，六部尚书地位升高，为正二品，常加大学士衔，入内阁主政。明代废中书省，六部乃直接对皇帝负责，成为主管全国行政事务的最高机构。各部置尚书一人，总管本部政务，六部尚书官阶为正二品。清代于天聪五年（1631）仿明制设六部。初以贝勒（亲王、郡王）分别总理各部部务。雍正元年（1723）以后，常以大学士兼管各部。
六部始设于隋代，唐代确定六部各部以尚书、侍郎为正副长官。尚书，是中国封建时代的政府高官名称，相当于现各国家部委的部长。在清朝，六部和理藩院等部门的主官称为尚书。