村庄以“旗”称名,人们很容易联想到清代的镶黄旗、正黄旗、正白旗(上三旗)、镶白旗、正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗(下五旗)这八旗军,甚至认为这几个村庄是因为清代的八旗军驻地而形成。其实,西三旗等村庄的形成和得名,与清代八旗军并无关系。
西三旗的形成与得名,是明代有部分军队在这一带牧马的结果。明代的军制是在一些要害之地设置卫或所,以尽保家卫国之责。一般地说,一个卫有五千六百人,一个千户所有一千一百二十人,一个百户所有一百一十二人。每个所统领两个总旗,十个小旗。每个小旗有十名兵卒,每个总旗有五十名兵卒。可见,明代军队的编制,最基层单位也称为“旗”,犹如今天的“班”。明代为了抗御蒙古势力卷土重来,在大规模修筑长城的同时,还在长城沿线设置九个镇,也称“九边”,统领大批卫所官兵保卫边防。为了供给沿边驻军所需的战马,在内地设立了许多牧马草场和马房,抽调部分官兵专门牧马养马,甚至民间也承担繁重的为官府养马的任务。有明一代,北京地区的牧马草场和马房很多,其中在西三旗东边的黄土店就有一处,称为黄土店马房。那时候,在黄土店周围没有几个村庄,到处是青草茂盛的空旷之地,被分派到马房黄土店牧马养马的官军,按照所编的小旗散布其间牧马。西三旗、西二旗、东三旗、东二旗等村庄就是明代牧马的各小旗官军的驻地,后来演变成村落,并以当时小旗的编号和所处方位命名。
在今清河镇东边、清河北岸有个村庄名为“马房”,则是明代清河马房的遗存,现因市政改造已经拆迁。而在昌平小汤山的南边、温榆河北岸也有一个“马房”村,则是属于小汤山马房的范围了。明代北京地区马房之多,由此可见一斑。