弘光政权
崇祯十七年，（1644年）五月初三首先建立。由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京。五月十五日即皇帝位，年号弘光。朱由崧，明神宗之孙，福王朱常洵之子。初封德昌王，进封世子。崇祯十六年嗣封福王。次年初，农民军扫荡北方，朱由崧流亡淮上。时南京之明残余势力议择君以定南都，然后挥师北上。曾出现拥潞王与拥福王之争，最后马士英恃势逼史可法等同意立福王朱由崧为帝。马士英等以拥戴有功，把持朝政，起用阉党余孽，贪赃枉法，与高弘图等东林余党针锋相对。清顺治二年三月，宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。随后，清军渡长江，克镇江。弘光帝被迫出奔芜湖。五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降；二十二日朱由崧被获，解北京处死。弘光政权覆灭。
[编辑本段]隆武政权
顺治二年闰六月初七，明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等，奉唐王朱聿键称监国于福州。闰六月二十七日称帝，改福州为天兴府，以是年为隆武元年。朱聿键，朱元璋九世孙，端王朱硕熿之孙。崇祯五年嗣立唐王，九年因率兵勤王擅离南阳获罪，弘光时获释。顺治二年五月避乱经杭州，适南都已亡，郑鸿逵等迎之入闽。隆武帝继位之初，俨然想有所作为，他集廷臣议抗清战守。即位不及半月，即下诏亲征，影响颇大，同时又安抚难民，联络抗清义军，改变原来弘光朝廷联虏灭贼的错误政策方针。使得江浙、安徽、江西各地义军纷起，响应抗清号召。然而隆武却颇不得势，其军政大权都掌握在地方实力派郑芝龙手里，就连隆武本人也为其挟制，很快被其掣肘。三年七月，清军攻下浙东浙南，即挥师南下。郑芝龙暗中与清军洽降，撤兵还安平镇。福建门户敞开，清军长驱直入。隆武帝出奔汀州，八月二十八日被清军追及擒杀，隆武政权灭亡。之后郑芝龙以无大用，被清廷所杀。
隆武帝本人可以说是南明诸帝中最为有能力的皇帝之一，只可惜在错误的地点选择了错误的势力，才使得他无所建树，最终隆武朝廷的复国计划称为了泡影。
[编辑本段]鲁王时期
顺治二年闰六月二十八日，在浙江余姚、会稽、鄞县等地抗清义军及故明官吏缙绅的扶持下，明鲁王朱以海监国于绍兴。朱以海，朱元璋十世孙，鲁王朱寿镛第五子。崇祯十七年二月嗣王位。鲁王政权建立后，控制浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，拥有浙中义师及原明总兵方国安、王之仁部，且凭借钱塘江天险，曾汇兵合攻杭州。但其政权腐败，热衷于与隆武朝争夺皇统，势同水火。顺治三年六月不战而溃，朱以海出海至舟山。清军迅速平定浙东，鲁王大臣张国维、朱大典、马士英、孙嘉绩、王之仁等先后死，方国安、阮大铖等降清。该政权建立不到一年即告灭亡。
[编辑本段]绍武政权
顺治三年十一月初二，大学士苏观生、隆武辅臣何吾驺等于广州拥立朱聿键之弟朱聿鐭?为帝，改元绍武。同年十二月十五日，清军李成栋部攻入广州，朱聿鐭?等皆死。绍武政权仅存41天。
[编辑本段]永历政权
顺治三年十一月十八日，明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥戴桂王朱由榔于肇庆称帝，以次年为永历元年。朱由榔，明神宗之孙，桂恭王朱常瀛少子。初封永明王。为人懦弱寡断，昏庸无能。
正当南明政权形势万分危急之际，大顺农民军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。自李自成死后，余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合抗清。
在抗清名将何腾蛟、瞿式耜、堵胤锡、郑成功等的支持下，尤其是大顺、大西农民军与之联合抗清，永历政权得以生存下来，支撑台湾及中南、西南数省半壁江山，声势颇大。顺治五年春收复了湖广、湘桂部分地区。顺治九年收复广西全境。接着北取长沙，东扫江西，收复二州16郡。
不幸的是，这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。1656年李定国拥桂王至云南，次年又大败孙可望，可望势穷降清。孙可望降清后，云贵虚实尽为清军所知。1658年，吴三桂率清军攻入云南。次年初，下昆明，桂王出逃缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密失败。1661年，吴三桂率军入缅，索求桂王，十二月缅甸国王将桂王交于清军，次年四月桂王与其子等被吴三桂处死于昆明。7月，李定国在勐腊得知桂王死讯，亦忧愤而死。 其后退守台湾郑成功集团沿用南明永历法统直到永历三十七年十二月郑克塽降清止，郑成功政权名义上一直奉朱术桂为监国，使用永历年号。
这次南明政权的抵抗斗争虽然最终失败了，但它的影响和意义是极其深远的。