大约在公元前13世纪的古希腊斯巴达，有一人家生了个女儿，取名海伦，这小姑娘长大后渐渐出落成一位举世罕见的美女，被公认为是全希腊各国最美丽的女子。希腊各国的公子王孙们都纷纷追求她，并以看到她的芳容为一生最大的愿望。海伦成了各国公子王孙们的偶像和珍宝。
后来，为了让海伦的生活幸福美满，她的追求者们达成了协议：让海伦自己选择丈夫，大家保证尊重她的选择，而且要共同保护她的丈夫。
后来，斯巴达王阿特柔斯的儿子墨涅依斯为海伦看中，两人成亲。不久，墨涅依斯做了国王，两人相亲相爱，其他的追求者们也遵守着他们的承诺，共同保护着这对美满的夫妻。
一天，墨涅依斯的王宫里来了一位尊贵的客人。他是特洛伊国王的儿子——帕里斯。
特洛伊和希腊隔海相望，是小亚细亚半岛上的一个小王国。墨涅依斯对帕里斯盛情款待，连年轻的王后海伦也亲自出来接见。帕里斯长得风度翩翩，风流潇洒，很讨女人喜欢。海伦和他一见钟情，竟鬼迷心窍地和帕里斯一起私奔，逃到了特洛伊城，同时，帕里斯还掠走了王宫中的许多财宝。
已成为斯巴达国王的墨涅依斯不堪忍受如此奇耻大辱，连夜赶到迈锡城，纠集他的哥哥——迈锡国王阿伽门农，帮他复仇。
阿伽门农当时是希腊各国的霸主，他拥有当时希腊最庞大的军队和从未战败过的最伟大的武士——阿喀琉斯。为给弟弟复仇，阿伽门农将希腊各国联合起来，决定用武力消灭特洛伊。不久，一支拥有十万人马和一千多艘战舰的希腊大军，浩浩荡荡地赶赴特洛伊。一场残酷的战争由此爆发。
但是，由于特洛伊城坚不可摧，战争持续了九年，希腊联军也没有得到他们的胜利。
第十年，希腊联军中一位足智多谋的将领想出了一条妙计……
这一天的早晨非常奇怪。希腊联军的战舰突然扬帆离开了。平时喧闹的战场变得寂静无声。特洛伊人以为希腊人撤军回国了，他们跑到城外，却发现海滩上留下一只巨大的木马。特洛伊人惊讶地围住木马，不知所措。
他们不知道希腊人制造这木马的原因和目的，更不知道该如何处置它。有人认为它是这场战争的纪念品，要把它拉进城里，有人认为它象征希腊人对特洛伊人的侮辱，建议把它烧掉或推到海里。这时，有几个军士捉到了一个没来得及逃脱的希腊人，便将他五花大绑着去见特洛伊国王。
希腊人告诉国王，这个木马是希腊人用来祭祀雅典娜女神的。他说，希腊人算准了特洛伊人会毁掉它，这样就会引起天神的愤怒，但如果特洛伊人把木马拉进城里，就会给特洛伊人带来神的赐福，所以希腊人把木马造得这样巨大，使特洛伊人无法拉进城去。
特洛伊国王悲剧性地相信了这个希腊俘虏的谎言，拆掉了一半城墙，将巨大的木马拉进了特洛伊城。
当天晚上，特洛伊人欢天喜地地庆祝胜利，他们又唱又跳，喝光了一桶又一桶的美酒，直到深夜才回家休息，做着关于和平的美梦。
深夜，一片寂静。木马的肚皮下面打开了一扇小门，随后，全副武装的希腊战士便从木马中钻了出来。他们悄悄地摸向城门，杀死了睡梦中的守军，迅速打开了城门，并在城里到处点火。隐蔽在附近的大批希腊军队如潮水般涌入特洛伊城……
十年的战争终于结束了。希腊人把特洛伊城掠夺一空，烧成一片废墟。特洛伊的男人大多被杀死，妇女和儿童被卖为奴隶，财宝都装进了希腊人的战舰。海伦也被墨涅依斯带回了希腊。这就是传说中的“木马屠城”。
“特洛伊木马”现在已经成了“挖心战”的同义语，比喻打进敌人心脏的战术。它提醒人们要时刻提高警惕，防止被敌人的伪装所欺骗，使敌人钻进自己的心脏。
现在被众多网民普遍关注的电脑病毒——“木马”的名字便由此而来。