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截至2019年6月，石首市有12个乡镇，其中有1个乡和11个镇。
1个乡为：久合垸乡；
11个镇分别为：新厂镇、横沟市镇、小河口镇、桃花山镇、调关镇、东升镇、高基庙镇、南口镇、高陵镇、团山寺镇、大垸镇。
1986年，石首撤县建市，版土面积1427平方公里，辖国家级麋鹿自然保护区、国家级白鳍豚保护区2个正县级事业单位，1个省管天鹅洲生态旅游经济开发区副县级行政单位，石首经济开发区、荆州机电职业技术学院2个副县级事业单位和14个乡、镇、办事处，总人口63万。
大垸镇、新厂镇、横沟市镇、小河口镇、天鹅洲经济开发区位于江北片，面积和人口分别占全市总量的三分之一；桃花山镇、调关镇、东升镇位于东南片，南口镇、高陵镇、高基庙镇、团山寺镇、久合垸乡位于西南片，绣林、笔架山两个街道办事处位于中心城区。