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上海市宝山区疾病预防控制中心的前身是1951年建立的原上海市江湾、大场、吴淞、新市四个区卫生防疫站（1956年合并为上海市北郊区卫生防疫站和血吸虫病防治站）及1956建立的原江苏省宝山县血吸虫病防治站。
宝山区疾病预防控制中心现有编制人员（含初保办）160人，其中卫技人员122人，高级技术职称8人，中级技术职称32人，主要工作任务是承担传染病和慢性非传染病的预防控制工作和突发公共卫生事件应急处置等，是全区疾病预防控制、卫生监测检验、公共卫生服务科研培训、质量控制、健康教育的技术指导中心。