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区别在于指向不同，规格不同，概念不同，意思不同等，学院一般指大学，大专院校，学院院长一定是专科以上的大学领导，而学校校长各有不同有小学，中学，大学等各级各类学校的校长，包含学院院长，所以二者所指不同的概念，有关系也是有区别的
学院院长和学校校长的区别
学院一般没有级别一说，非要说是级别的话，就是正处级。注意副部级高校仅是书记、校长由中央任命为副部级，常务副校长和副书记是正厅级，其它的副校长还是副厅级。学院不可能是正厅级或副厅级，仅有北大医学部可能是个例外，北京医科大学与北大合并前已经是副部级高校。
中小学校长跟大学校长不同，他们的级别不同，中小学校长属于科级干部，不能跟大学校长比。
学院院长和学校校长的区别
学院院长是大学而学校校长则小学，中学，大学都有。同是校长可职位高低，职称都不同。