湄洲妈祖祖庙始建于北宋雍熙四年(987年),历代屡经扩建修葺。
明洪武七年(1374年),泉州卫指挥周坐重建妈祖庙。永乐元年(1403年)至宣德六年(1431年),郑和奉旨遣官建造正殿。
清康熙二十二年(1683年),闽浙总督姚启圣获妈祖保佑建功而扩建祖庙时,把朝天阁重修并改为正殿,为重檐歇山顶、面阔三间、进深三间的抬梁结构建筑。康熙二十三年(1684年),施琅重修。
民国年间再度在旧址重修。
“文化大革命”期间,妈祖庙受到了严重的毁坏。
20世纪80年代以来,妈祖祖庙陆续开始重建,随着台湾妈祖信徒到祖庙进香日渐增多,海峡两岸妈祖信众同心协力,自愿捐物捐资,进行大规模的修复兴建。[6]
1987年妈祖千年祭时,数以千计的台胞涌上湄洲岛参拜妈祖,形成了挡不住的“海峡潮”。
1989年5月6日,台湾宜兰县苏澳南天宫组成20条渔船200多台胞信众,从海上直航湄洲岛谒祖进香,开启两岸隔绝以后的第一次海上组团直航。
1997年1月至5月,湄洲祖庙妈祖金身巡游台湾102天,受到宝岛上千万人次的顶礼膜拜,十里长街迎妈祖,火树银花不夜天。[12]
1997年,祖庙董事会邀请清华大学古建筑专家规划设计,以高度14.35米高的妈祖石雕像为起点,兴建祖庙新殿建筑群。新建筑群,有灵慈殿、天后殿、祈福殿、妈祖文化展览馆、顺济殿、钟鼓楼、宫门、大牌楼、天后广场、天后大戏楼、妈祖故事群雕、妈祖碑林、“天下第一印”石刻、祈安洞、摩崖题刻及历代帝王对妈祖36次褒封的巨屏等景观。