巴、阿两国间拥有浓厚的民族和血缘联系。阿富汗主体民族是普什图人，而巴基斯坦境内也有大量的普什图人。普什图人居住的地区，被称为“普什图尼斯坦”。18世纪时期，所有普什图族人都生活在阿富汗杜兰尼王朝的统治之下。
但好景不长，18~19世纪之交，南亚的锡克帝国崛起。锡克帝国通过数次战争，打败了阿富汗，吞并了相当数量的普什图族住居区。此时，半数普什图尼斯坦为锡克人所吞并，普什图人心目中的圣城——白沙瓦，也为锡克人所有。
此后，英国殖民势力卷土而来。英国人在接管了原锡克帝国的疆域后，又企图将阿富汗纳入统治。但是，阿富汗人坚决抗击英国入侵。同时，阿富汗严酷的地理环境又限制了英国人的脚步。因此，英国虽然多次发动入侵，却始终无法完全占领阿富汗。
时常在巴、阿之间穿梭的普什图人
1893年，英国人划定了“杜兰德线”，将普什图尼斯坦一分为二，以北仍归阿富汗管理，以南则归属英属印度管辖。原本统一的普什图人，也就此分居两地，成为了一个跨境民族。1947年英国人撤走，印巴实现分治，南普什图尼斯坦由巴基斯坦接管。
但是，英国人划定的“杜兰德线”却并不合理。因为这条边界，更多是按照当时双方实际控制范围来划分的，对自然地理、民族分布等因素考虑欠缺。因此长期以来，这条边界线很难起到拦截和防护作用，在某些时候甚至“形同虚设”。
此外，巴、阿两国由于财力有限，所以对边境地带的管控能力也相对薄弱。自然地理屏障的缺乏，加之官方控制能力的不足，使得两地普什图人往往可以“无视”边界。在阿富汗居住的普什图人，经常越过边界，到巴基斯坦的亲戚家做客，反之亦然。
于是，当阿富汗发生战争时，阿富汗难民就常常逃到巴基斯坦。例如，苏联攻打阿富汗时，阿富汗有500多万人沦为了难民，其中大多数逃亡到了巴基斯坦。美国入侵阿富汗时，同样有大批难民来巴避难。数量庞大的难民，给巴基斯坦带来了沉重的经济负担。
此外，阿富汗的武装人员也常借机到巴基斯坦休整。当年的反苏武装，多数都在巴基斯坦境内设有指挥站、补给站和训练场所。曾经强大一时的塔利班，也在巴基斯坦境内建立了分部。而这些武装组织的到来，也在不经意间将战火引向了巴基斯坦。