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二者的区别主要是呼吸是否受到呼吸主体受到外在控制。自主呼吸是呼吸主体自然而然的、不加外在控制和任何心理、意识的控制呼吸，也可称之为自然呼吸。而意识呼吸则是呼吸主体用意识来控制呼吸模式。比如胸式呼吸或腹式呼吸就属于此类。
自主呼吸和意识呼吸的区别
意识呼吸也是自主呼吸，是个体在自然状态下的呼吸过程，吸气时胸腔内压力为负压，其频率、潮气量均由个体自己调节和控制。
自主呼吸，就是天生赋予的、自然而然的自然生理呼吸，也可称为“自然呼吸”。
也就是，不加任何心理、意识控制呼气和吸气的长短、舒缓、深浅、粗细
自主呼吸和意识呼吸的区别
自主呼吸是植物神经在指挥，也就是本能的，意识不控制的。意识呼吸则是动物神经在指挥，也就是说，我们意识控制下的呼吸，我们可以调节自己呼吸的模式，比如胸式呼吸腹式呼吸。调节呼吸的频率或者呼吸的主要肌肉等。