新世纪福音战士:Q》讲述前作《破》最后阶段所描述的“近第三次冲击”14年之后的世界;全片几乎以碇真嗣的视角呈现。
导演把整个剧情拆分五段来进行拍摄叙述——
1、
US作战
影片开始,葛城美里领导部分前NERV成员组成反NERV组织“WILLE”,对NERV的EVA进行歼灭行动。WILLE所属EVA改2号机(搭乘者:式波·明日香·兰格雷)和8号机(搭乘者:真希波·玛丽·伊兰崔亚斯)在卫星轨道上对被NERV封印的初号机进行夺回作战“US作战”。
改2号机受到自动防卫系统“Mk.04A”的攻击,在8号机的援护射撃下进行突破。接着遭到与初号机收容在一起的“Mk.04B”的阻击而面临坠入大气层烧毁的危险,明日香向真希波求救,暂时觉醒的初号机将Mk.04B消灭,2号机和初号机一同返回地球。作战成功。
战舰上,尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来,与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中,真嗣得知自己已沉睡14年,但他发现明日香却一点也没有变化,明日香告诉他,EVA的驾驶者受到EVA的诅咒,是永不会变化的。此外真嗣又得知,初号机中获救的仅得他一人,而他奋力从使徒手中救出的绫波丽并没有在初号机的驾驶舱里,不能接受这一事实的真嗣,更得知他再也不需要驾驶EVA,并被迫戴上炸弹项圈,只要他想离开战舰或登上EVA,美里就会引爆炸弹。听到这一切后,真嗣继续抑郁。