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公元前，长江大量泥沙沉积于长江口，形成大小不等的沙洲，大约经过800多个春秋，至唐末，出现东洲和布洲两大洲及成群小沙洲，沙洲渐次连片。
至五代后周显德五年（958）建县，县治设于东洲镇，名海门县。海门濒江临海，屡遭风潮灾害，县境涨坍无常。尤其是明代中叶，境内大片土地坍没，坍至吕四、余东、四甲一线，县治一再迁徙，至清康熙十一年（1672）栽县为静海乡，归并通州。
清康熙四十年（1701）前后，江流回向南泓，长江北岸开始涨积，涨出40多个新沙，绵亘百余里。清乾隆三十三年（1768），建江苏省海门直隶厅，设治于茅家镇。民国元年（1912）复称海门县。1949年，新中国成立后，海门人民护坡治坍，根除坍害，县境稳定，海门隶属于江苏省南通地区。
1983年实行市管县，南通地区撤销，海门县隶于江苏省南通市。1994年6月撤县设市，成立海门市，隶于江苏省南通市，市人民政府驻地海门镇。2020年7月，撤市划区，正式更名为江苏南通市海门区。