据唐李吉甫《元和郡县志》的记载，隋灭陈后，废郡置州，以州统县，于是废晋陵郡，于常熟县置常州，因县为名，治所即在现今常熟。后割常熟县入苏州，将常州移治于晋陵县(今常州市)，常州从此得名，并断断续续沿袭至今。
隋炀帝大业三年(607)废州置郡，称毗陵郡，郡治仍在晋陵县(今常州市)。唐武德三年(620)复为常州。垂拱二年(686)又分晋陵县西界置武进县，州治晋陵县与武进县同治。唐天宝、至德年间又曾改为晋陵郡。无论是称毗陵，还是称晋陵，都只有短短的几十年。
唐乾元初再称常州。五代南唐因分江阴县置军，辖境缩小(北宋时又曾扩大)。元至元十四年(1277)升为常州路，属江浙行省。元至正十七年(1357)朱元璋改常州路置常州府，属江南行中书省。明洪武初直隶京师(永乐后直隶南京)，废晋陵县入武进县，常州府治武进县(今常州市)。晚明避光宗朱常洛讳曾改称尝州。清顺治初常州府属江南省，康熙后属江苏省。
清雍正二年(1724)，分常州府治武进县东部置阳湖县，武进、阳湖同城而治。阳湖县因县东有阳湖得名。1912年1月废州府存县，改为武进县，同时阳湖县并入。1914年6月属苏常道。1927年4月废苏常道，直属江苏省。1934年属无锡行政督察区。1949年4月23日，武进解放，析武进县城及近郊设常州市，属苏南行署区常州专区。1953年改为江苏省辖市。1958年镇江专区改名常州专区，同时改属常州专区领导。1962年再改由江苏省直辖。到2002年，常州市下辖天宁区、钟楼区、戚墅堰区、新北区、武进区、金坛市、溧阳市五区二市。
2015年5月，常州市行政区划：一、撤销常州市武进区和戚墅堰区，设立新的武进区，以原武进区（不含奔牛镇、郑陆镇、邹区镇）和戚墅堰区行政区域为新设立的武进区行政区域。二、撤销县级金坛市，设立常州市金坛区，以原金坛市行政区域为金坛区的行政区域。三、将原武进区的奔牛镇划归常州市新北区管辖，将原武进区郑陆镇划归常州市天宁区管辖，将原武进区邹区镇划归常州市钟楼区管辖。