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据传，门头沟三家店古村的由来可以追溯到明朝中期。当时，北京城内因人口激增、土地资源有限而出现了很多人口流动和聚居的现象，而门头沟区域的自然环境和丰富的自然资源吸引了不少外来移民前来聚居。其中，一些勤劳善良、机智能干的人选择在门头沟三个村庄的交界处——三家店地带落户定居。
这些先民们在这里耕种、养殖、捕捞等生产活动，形成了一定的村落景观和人文特色。随着时间的推移，这三个村庄逐渐发展成为门头沟区域的一个繁荣村庄群体，并形成了独特的文化传统和民俗风情。
而今，门头沟三家店古村已成为北京市重要的历史文化遗址和旅游景点，吸引着众多游客前来观光、学习、休闲和度假。