陈潢、靳辅最担心的事情还是发生了，新任河道总督于振甲一意孤行，治河无术，造成黄河再次决堤，用数百万人的性命再次验证了自己的愚蠢，虽然两次跳河自尽却都被救起。
他向康熙负荆请罪，康熙却轻描淡写，还暖心安慰他，继续让他治河，只不过这一次，康熙将陈潢临终前写的《河防述要》给了他，于振甲表态务必要按照陈潢、靳辅的办法重新治河。
两次黄河决堤，造成数百万人生灵涂炭，刚愎自用的于振甲终于服软了，在治理黄河上他就是个纸上谈兵的庸才，陈潢、靳辅才是大才，他心甘情愿地按照他们的方法重新治河。
几年后，康熙再次乘船南巡，眼见黄河安澜，意气风发，于振甲也侃侃而谈，君臣同乐，但康熙还带来了一位特殊的客人。
走进船舱，于振甲看到这位客人竟然是风烛残年的靳辅，康熙提到于振甲治河有功，此生不朽，于振甲感到了极大的羞愧。
他忍不住跪在康熙面前请奏，说出了憋在心里已久的话：
“我不敢贪功，我当年说的那一套，都是错的，现在治河的法子，全都是从紫垣兄和天一兄那儿得到的，若是后人觉得我于振甲会治河，那便是我于振甲贪天功，我不做此事，我当年愚鲁狂妄，深挖下河，拆毁减水坝，已经知道错了，可惜天一已仙逝，他受了我那么多窝囊气，我都没有机会当面向他认错，诚为人生一憾，紫垣兄，对不起。”
一句“对不起”，可谓字字千钧，令此前一直面无表情的靳辅也潸然泪下，康熙也陷入了沉思。靳辅将于振甲扶了起来，握着他的手说：“振甲能说出这番话，天一若是九泉有知，他听到了也会哈哈大笑，尽散愁颜，他这个人哪，心中澄明，不留一丝渣滓，不记恨任何人，我知道他。”说完，泣不成声，于振甲感同身受，两人紧紧地抱在了一起。
于振甲再次在康熙面前跪下，他郑重地将《河防述要》还给了康熙，因为他已经抄写了几十本，河道的大小官员都人手一本，康熙心里其实对靳辅、陈潢的事一直念念不忘，他知道是自己错了，如今唯一能弥补的就是完成陈潢的心愿：他亲笔手写了“河防述言”4个大字，吩咐照此作为这本书的名字印刷。
几年后，靳辅官复河道总督一职，但他已经年老体衰，也不愿负故友，给康熙写了一份遗折，陈述陈潢的功绩，恳请皇上“特沛天恩”。
正在与众大臣议事的康熙收到靳辅的遗折，悲从中来，他遣散了大臣们，自己一个人坐在地上，翻看着遗折，久久不能释怀。
靳辅死后，康熙赐他谥号文襄，入祀贤良祠。
多年后，白发苍苍的康熙路过河神庙，见到靳辅、陈潢的金黄塑像，受万民香火供奉和膜拜，康熙百感交集，纵使他贵为天子，也未曾得到如此待遇。
自称“河伯投胎”的陈潢生而有幸，遇上了志同道合的清官靳辅，他们也有幸遇上了“千古一帝”康熙，让他们得以施展治河的才华。
但康熙终究是人，也会好大喜功，未能善始善终，甚至一度也质疑陈潢的治河策略，为此不惜罢免靳辅的官职，将陈潢软禁至死，同时偏信狗屁不通的于振甲，用他们理所当然的方法去治河，结果再次酿成黄河决堤，祸害千里，才幡然悔悟。
天下长河一千两大结局
天下长河》电视剧大结局是陈潢是草席裹尸，靳辅回家复出未几病逝，于振甲拆除减水坝，挖通下河民不聊生，最后还是康熙把陈潢的著书给了于振甲，于振甲按照陈潢的治水思路治理黄河，总算是江河安澜。从康熙到河伯庙来看靳辅和陈潢的铜像，应该说康熙还是对这两人的治水是肯定的，也充满了内心愧疚。