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在清人关后，仍沿明制，以内阁总理政务。内阁大学士官至一品，位尊权重。于是，到雍正时，又在内阁之外另设一个军机处，内阁大权渐为所夺。
清代内阁办公的地方是宫内的文华殿和武英殿。
雍正七年（1729年）六月，因用兵青海，乃于保和殿西北角之隆宗门内，设立军机房，命怡亲王允祥、大学士张廷玉等密办军需事宜，赞襄机务，，十年三月，用兵西北，又改军机房为“办理军机处”。
军机处的工作，其初只限于军事范围，后来，渐渐发展成为参预机事，商决大政的国家决策机构。军机处设军机大臣，无定员，均由满汉大学士、尚书、侍郎特旨召人。
军机大臣以下设军机章京若干人，协助军机大臣处理政务。军机章京分为二班，每班满、汉各八人，设领班、帮领班各一人。为了防止泄露军事机密，军机处一律不许使用书吏办事，这在当时各级机关中是比较特殊的。