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1937年深秋，日本开始全线进攻中国，为躲避战乱，中国医生成贤（秦汉饰）携带怀有身孕的日本妻子理惠子（早乙女爱饰）和孩子从上海逃到南京老家，他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时，成贤认为自己与难民身份不同没做理会，投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴（刘若英饰）为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒，但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。
同年12月13日，南京沦陷，日军在城里搜索伤兵，理惠子因为她的日本身份逃过了一次灾难。日军对南京全城进行了惨无人道的大屠杀，救委会主席约翰想用身体挡住日本人冲进安全区，遭到一顿暴打。日军在安全区内大肆奸淫妇女，老师书琴为保护孩子受伤，理惠子因被踢中肚子而流产。