目前有三种病毒的起源的假说
1远古生物后裔说
按照生命出现的一般规律，在地球混沌初开时，先出现大分子的有机物，如核酸和蛋白质，在经过数万年的演变和进化后，出现细胞结构的生物，乃至进一步的发展成了多细胞高等生物的动物，植物。而远古留存下来的一部分没有进化出细胞结构的生物，保持着非细胞结构顽强的活了下来，并且在不断对抗着“细胞生物”资源掠夺和“降维打击”下，演变出了以寄生细胞为主的生存模式。不同的病毒逐步适应了或者说是选择了不同的生物体作为宿主，如细菌病毒（噬菌体），动物病毒和植物病毒等。研究发现动物病毒和植物病毒存在着同源性，说明了病毒可能有着共同的起源。但是也有人提出病毒只能通过寄生细胞来达到生存繁殖，怎么可能在细胞之前就出现了。但是医诺师兄认为生命往往是有着无限潜力和可能的，在细胞之前，这些“病毒祖先”可能有着自己的生存模式。毕竟按照进化论来讲，所有生物由水生动物演化而来的，生存模式也发生了翻天覆地的变化（本人对进化论存疑）。
2“细胞体内的叛逃者”
有专家认为病毒来源于细胞中核酸（遗传物质，即平时讲的DNA和RNA），是由细胞的染色体（动植物）、线粒体（动植物）、叶绿体（植物）和质粒（细菌）“自立门户”演变而来，是细胞中的“叛逃者”。质粒，线粒体和叶绿体内的DNA,可独立参与蛋白质的合成,转录,与复制，为“叛逃”提供了基础条件，并且突变率极其高，为“叛逃”提供了无限可能，而细胞中的染色体也不是一成不变的，它在转座子（转座子又称为跳跃基因:一段可以从原位基因上单独复制或断裂下来）作用下可以离开原位置。毕竟，大家都想自己当“老板 ”嘛。同样，在近期研究中发现，人类体内的原癌基因（与癌症相关的基因）和某些病毒的遗传物质有着惊人的同源性。这大大的支撑了这个叛逃者说法的可信度。但是呢，也并不是每个病毒的基因都有这么高的同源性，这就需要进一步探索了。
3”细胞生物的堕落者“
有个新兴的假说认为病毒是较为高级的细胞生物退化而来的，或者说是变异而来的。这些细胞生物在生命进程中，丢失了部分“记忆”（遗传物质）或者退化了部分细胞器，致使自己不能通过自身繁殖和生存。从而为了适应生存环境而演变出的寄生的方法方式。为什么提出这种观点呢，首先科学家发现了几种堪比细菌大小的病毒，这种发现的惊奇程度，无异于你看见一个和你一样大的蚂蚁，为细胞生物演化为病毒铺好了进程依据。并且还发现了一些病毒和细菌的差异仅仅是缺失了自主繁殖的基因片段。