根据规划，地铁三号线从原江浦县的林场火车站出发，经上元门过江通道版越过长江到达江南地权区的五塘村、南京火车站，在新庄站南折向太平北路方向，过市政府、大行宫等站后经过夫子庙直至南京南站，全线共设19个站点，线路总长30.9公里，计划投资129．49亿。
一条纵向贯穿江北新市区、主城的城中地铁干线，三号线与一号、二号、四号、五号、六号、七号、八号都实现了换乘。其中在干休所站与七号线换乘；在南京站站与一号、六号两条线换乘；太平北路与北京东路口的市政府站与四号线换乘。同时，三号线的大行宫站与二号线大行宫站十字相交换乘；而夫子庙站将实现三号线与五号线的换乘；在雨花门站，三号线与八号线换乘；在南京南站站则实现与一号线南延线等换乘。在江北的火炬南路站，三号线还将与未来的江北轻轨换乘。
南京地铁三号线站点
南京地铁三号线站点如下：
1.秣周东路 15.常府街
2.东大九龙湖校区 16.大行宫
3.诚信大道专 17.浮桥
4.九龙湖 18.鸡鸣寺
5.天元西路 19.南京属林业大学·…
6.胜太西路 20.南京站
7.宏运大道 21.小市
8.南京南站 22.五塘广场
9.明城大道 23.柳洲东路
10.大明路 24.天润城
11.卡子门 25.泰冯路
12.雨花门 26.东大成贤学院
13.武定门 27.星火路
14.夫子庙 28.林场
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