广州地铁21号线共设21座车站，其中地底车站17座，架空车站4座，共有7座换乘站。设置车站有：员村、天河公园、棠东、黄村、世界大观、智慧城、神舟路、科学广场、苏元、水西、长平、金坑、镇龙南、镇龙、中新、中新东、朱村、朱村东、象岭、钟岗、增城广场等20座车站，6座换乘站分别串联起7条地铁和城际铁路，分别为员村（5号线）、天河公园（11号线、13号线）、黄村（4号线）、世界大观（19号线）、苏元（6号线）、镇龙（14号线）。广州地铁21号线预计将采取快慢车形式运营，根据21号线初步设计方案届时21号线的快慢车停站情况如下：
慢车为：员村-增城广场各站停站
快线车停靠大站：员村-天河公园-棠东-黄村-世界大观-苏元-镇龙-朱村-增城广场