广深铁路是上市公司，要追求利润最大化，所以票价全国最高。
时速不足200公里的广深，单位票价超过了时速350公里的高铁。
广珠城轨，仍然属于国铁（国家铁路）。
其实广东省内的铁路票价多数都比外省贵，因为广茂、广梅汕这些地铁（地方铁路）都是广铁公司自主定价的，比京广、京九这些国铁贵。
比较一下二等座票价：
武广高铁：490元÷1069公里（广州南——武汉）＝0．458元／公里·人
广珠城轨：36元÷93公里（广州南——珠海北）＝0．387元／公里·人
广深铁路：80元÷139公里（广州东——深圳）＝0．575元／公里·人
说档次不一样的是脑子进水，广深的老CRH1远不如广珠和武广的新车好。
为什么广深线上票价要贵很多
广深铁路的归属为广深铁路集团公司，广深铁路集团公司对旗下的几条铁路专有单独定价权，公属司旗下的几条铁路（广深铁路，即将建成的广珠城际）上列车的单位票价都要比其他同等级铁路高出50%左右甚至更多。跨线列车在这些铁路区间的票价也要相对上浮。
像目前的广深铁路上的广深和谐号动车组的单位票价就比其他线路上和谐号动车组的单位票价高出50%左右，与武广高铁等高铁上的高速动车组（就是高铁动车）票价水平相当。又比如你的那种情况，长沙-广州区间的卧铺单位票价明显就比广州-深圳区间的要低出许多。当然其他的席位（座位票）也是这样的情况。