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清朝建国48年后收复台湾。1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年设立台湾府。
明郑政权末期与清政府处于军事对峙状态，逐步演变成地方割据政权。1683年7月8日，清政府派福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘，从铜山（今属福建漳州）向澎湖、台湾进发。清军向澎湖守军发起攻击，郑军溃败。郑克塽率众归顺清政府。至此台湾在清政府直接统治之下。
1684年（清康熙二十三年），清朝设置台厦道，台湾与厦门共署，设一府三县，置台湾为一府，称台湾府，府治设在今台南，下辖台湾县（今台南）、凤山县（今高雄左营）、诸罗县（今嘉义），隶属于福建省，道署设于厦门。
台湾重新纳入中国中央政府的统一管辖之下，在政治、经济、文化等各方面与大陆的联系更加密切，成为国家统一整体中不可分割的组成部分。1727年，台厦道分出台湾道，道署移至今台南，设一府四县二厅。